Pesantren Husnayain merupakan salah satu Pesantren Alumni P.M. Gontor yang menerapkan dua kurkulum yaitu kurikulum Pemerintah (SMP/SMA) dan Kurikulum P.M. Gontor (TMI) dengan mengadopsi sistem Pendidikan yang non dikotomis, dimana keilmuan Agama dan Umum diposisikan sama pentingnya